Après son diplôme d'architecte à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne en 1997 (avec notamment Paul Chemetov, Inès Lamunière, Yves Lion et Luigi Snozzi comme professeurs), Emmanuel Rey obtient, parallèlement à sa pratique professionnelle, un Diplôme postgrade européen en architecture et développement durable décerné conjointement par l’'EPFL, l’'Université catholique de Louvain, l'’ENSA de Toulouse et l’'AA à Londres (1999), ainsi qu'un Doctorat à l'Université catholique de Louvain (2006), récompensé par le Prix européen Gustave Magnel en 2009.

Dès 2000, il intègre le bureau d'architectes et d'urbanistes Bauart à Berne, Neuchâtel et Zurich, dont il devient associé et partenaire en 2004. A ce titre, il est impliqué dans de multiples projets, concours et réalisations, qui ont été publiés, exposés et distingués à diverses reprises.

En 2010, Il devient professeur au sein de la Faculté ENAC de l'EPFL et crée le Laboratoire d'architecture et technologies durables (LAST). Son apport se concentre sur le domaine de l’architecture durable, avec un accent particulier pour la transcription des principes de la durabilité à différentes échelles d’intervention - du projet urbain jusqu’aux composants de la construction - et pour l’intégration dans le projet architectural de critères évaluatifs et innovants. Par ses approches interdisciplinaires, il vise à contribuer à l’'établissement de liens dynamiques entre les ingénieurs et les architectes. En 2015, il est distingué par les Académies suisses des sciences par l'obtention du swiss-academies award for transdisciplinary research (td-award). (Source EPFL)